habria que ver ese metodo
Encriptar_Ficheros_GPG(archivo.Name, CarpetaOrigen)que hace a parte de encriptar los archivos le estas pasando como parámetro la misma carpeta de la que estás extrayendo los archivos y recuerda que los archivos .txt seguirán estando dentro de la carpeta te recomiendo crear una nueva carpeta ya que si usas la misma es como si le dijeras extraer los archivos que no sean .txt y ponlo de nuevo en la misma carpeta también puedes hacer un for each que te extraiga solo los archivos .txt y después borrarlos de la carpeta pero supongo que si tienes esos archivos .txt es por que los usas